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                                  生物信息學分析平臺
                                  發表時間:2013-04-03 閱讀次數:10934次

                                  實驗室生物信息學平臺

                                  實驗室與上海烈冰信息科技有限公司共同開發一套生物信息分析平臺。該平臺具備良好的圖形用戶界面 ,簡單易學 。三大功能模塊涵蓋主流信息學分析流程 。

                                  高通量測序分析:

                                  重測序分析,ChIP-Seq, RNA-Seq,分析基因組變異分析,DGE

                                  芯片分析:

                                  芯片歸一化 ,差異基因篩選,ANOVA分析,PCA分析,聚類分析 ,共表達分析

                                  本地數據庫挖掘:

                                  GO數據庫 ,KEGG數據庫,Pathway數據庫

                                   

                                  實驗室自主開發的數據庫平臺和軟件

                                  PMRD, 植物雄性生殖數據庫

                                  http://www.pmrd.org/

                                  PMRD是整合植物雄性生殖信息的綜合型數據庫 。數據庫收錄與植物雄性生殖發育相關的基因和突變體數據  。用戶可以方便查詢相關基因的序列  ,物理位置 ,生物學功能,表達模式,突變體表型和相關文獻。除此之外 ,數據庫還具備一組實用工具,實現BLAST查詢 ,芯片數據瀏覽,ID轉換等功能 。

                                   

                                  GMDD 轉基因檢測方法數據庫

                                  http://gmdd.shgmo.org/

                                  GMDD是上海公共研發平臺的一部分 。主要功能有兩個方面:1,GMO檢測方法的收錄和查詢 ;2,GMO檢測服務

                                   

                                  GRS 基因組壓縮軟件

                                  http://gmdd.shgmo.org/Computational-Biology/GRS/

                                  GRS軟件可應用於拼接完成的染色體序列的壓縮 。

                                   

                                  ANAP 擬南芥蛋白互作網絡知識數據庫

                                  http://gmdd.shgmo.org/Computational-Biology/ANAP/ANAP_V1.1/

                                  整合11個蛋白互作數據庫資源 ,涵蓋89種互作方式。可以在線查詢擬南芥蛋白互作網絡 。

                                   

                                  ProAP蛋白質致敏性預測

                                  http://gmobl.sjtu.edu.cn/proAP/main.html

                                  ProAP是一個在線預測蛋白質過敏性的數據庫平臺

                                   

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